Ekosystemy wodne stanową jedno z najważniejszych źródeł życia dla wszystkich organizmów żywych na naszej planecie. Ich zanieczyszczenie staje się przyczyną licznych chorób, a także wymierania niektórych gatunków roślin oraz zwierząt. Należy pamiętać, iż obieg wody w przyrodzie jest systemem zamkniętym i najpierw skażone zostają morza i oceany, a potem rzeki, strumienie, jeziora i sztuczne zbiorniki wodne, a więc stworzone przez człowieka.
Substancje szkodliwe i toksyczne najczęściej pochodzą z nawożonych chemicznie gleb, ze środków z rolnictwa, które stosowane są zazwyczaj przeciwko owadom, chwastom, roztoczom bądź grzybom, a które w swoim składzie posiadają między innymi fosforany i azotany, które niszczą naturalne środowisko. Ponadto ekosystemy wodne zanieczyszczane są przez produkty z ferm hodowlanych, jak antybiotyki czy hormony dla zwierząt, które przedostają się do gleb i przyległych wód.
Inną kategorią substancji, które przyczyniają się do zanieczyszczenia środowisk wodnych są te, które pochodzą z ciągle rozwijającego się przemysłu. Szczególnie mowa tutaj o takich szkodliwych związkach, jak metale ciężkie (kadm, cynk, ołów) oraz kwaśne deszcze wypełnione unoszącymi się do atmosfery spalinami ze spalania paliw kopalnych, jak węgiel kamienny czy ropa naftowa.
Często także w samych zakładach sprawdzania jakości wody dochodzi do jej zanieczyszczeń. Badanie jakości wody jest konieczne w obecnych czasach dla bezpieczeństwa ludzi, ale niezbyt bezpieczne dla samego środowiska.
Także wycinanie lasów i budowa wykopów melioracyjnych przyczynia się do przedostawania się do ekosystemów wodnych związków chemicznych, jak kadm, żelazo czy glin, które burzą naturalny rozwój i cykl w środowisku naturalnym. Jednocześnie substancje szkodliwe, które podczas deszczów bądź wycinania lasów dostają się od razu do wód bądź za pośrednictwem drzew i gleby przyczyniają się do zanieczyszczania ekosystemów wodnych takimi związkami, jak popiół, sadza, dwutlenek siarki, podtlenek azotu, kwas azotowy i siarkowy i wiele innych.
Do wody dostają się zarówno substancje w stanie ciekłym, jak i stałym. Wszystkie one negatywnie bądź katastrofalnie wpływają na życie organizmów bądź na sam obieg wody w przyrodzie, a co za tym idzie na cykl w środowisku naturalnym.